Das Wattenmeerzentrum ist Eigentum der Gemeinde Esbjerg. Betreiber des Zentrums ist die unabhängige Trägerstiftung Wattenmeerzentrum.
Der Ausbau und Neubau des Zentrums wurde durch großzügige Spenden folgender Stiftungen ermöglicht:
- A.P. Møller og Hustru Chastine Mc-Kinney Møllers Fond til almene Formaal
- Realdania
- Arbejdsmarkedets feriefond
- Esbjerg kommune
- Friluftsrådet - Støttet med tilskud fra Tips- og Lottomidler til Friluftslivet
- Louis Petersens Legat
- Augustinus fonden
- Bevica Fonden