VADEHAVSCENTRET ejes af Esbjerg kommune. Den selvejende Institution fonden for VADEHAVSCENTRET drifter centret.
Udvidelsen og nybygningen af centret er sket på baggrund af flotte donationer fra følgende fonde:
- A.P. Møller og Hustru Chastine Mc-Kinney Møllers Fond til almene Formaal
- Realdania
- Arbejdsmarkedets feriefond
- Esbjerg kommune
- Friluftsrådet - Støttet med tilskud fra Tips- og Lottomidler til Friluftslivet
- Louis Petersens Legat
- Augustinus fonden
- Bevica Fonden